아펜젤러대학은 배재학당 설립자인 아펜젤러 선교사의 뜻을 이어가고 있다. 바이오·IT·나노·보건분야의 16개 학과가 개설되어 있다. 격변하는 산업사회와 글로벌 사회를 함께 이끌어갈 공학기술인력과 과학적 기초지식을 통해 첨단 과학 기술사회와 미래 변화에 빠르게 적응할 수 있는 신기술을 연구·개발하는 기초과학 인력을 배출하는 과학기술산업의 장이다.

● 바이오계열
1. 생물의약학과(http://biomedical.pcu.ac.kr) = 생명과학분야를 선도할 수 있는 인재를 양성하는 요람이다. 인체를 비롯한 약용식물, 미생물 등 인간의 건강과 관련된 다양한 생물체의 분자 수준의 최신 지식과 각기 독특한 특성을 보유한 생물체의 다양성을 배우고 산업화에 필요한 지식을  교육하고 있다.

2. 바이오·의생명공학과(http://biomedtech.pcu.ac.kr) = 전반적인 바이오공학 분야의 기초지식 습득과 이를 바탕으로 광범위한 의생명공학 분야의 전문지식을 폭넓게 습득할 수 있도록 기초와 응용의 다양한 분야를 교과 과정으로 개설했다. 이러한 교과 과정에 따라 학생 스스로가 각자의 진로에 적합하게 과목들을 선택하고 수강하게 하고 있다.

3. 생명공학과(http://bt.pcu.ac.kr) = 2014년 산업계 선정 바이오분야 최우수학과이다. 첨단 생명과학 및 공학 분야의 이론과 실험실습 교육을 위한 기초지식의 습득과 이를 바탕으로 하는 첨단 융·복합분야의 교육에 중점을 두어 교육하고 있다. 생명산업 관련분야에 종사할 연구 인력과 산업인력 양성이 목표다.

4. 원예조경학부(http://lsed.pcu.ac.kr) = 바이오산업이 각광받고 쾌적한 도시환경 및 생태환경을 중시하는 국내외경향에 초점을 맞춘 학부이다. 원예학전공과 조경학전공 과정이 개설되어 있는데, 두 전공을 복수전공하도록 유도하고 있다. 교직 과정이 설치되어 있어 교사자격증을 취득할 수 있다.

● IT 융복합계열
1. 컴퓨터공학과(http://ce.pcu.ac.kr) = 21세기 정보화시대가 요구하는 컴퓨터 및 정보산업 분야에 종사할 전문공학도를 양성한다. 컴퓨터에 대한 이해와 활용을 통하여 하드웨어, 소프트웨어 및 이러한 구성요소들을 융합한 컴퓨터시스템을 연구하는 학과이다. 공학적 방법론을 기반으로 이들의 효율적인 설계, 개발, 운영하는 이론 및 실용기술을 탐구하고 있다.

2. 정보통신공학과(http://ice.pcu.ac.kr) = 정보통신은 컴퓨터와 통신시스템의 융합으로 이루어진 분야로 전기·전자, 컴퓨터, 통신 분야의 하드웨어와 소프트웨어 기술을 통합하여 정보화 시대를 가능하게 하는 첨단학문이다. 정보통신공학과는 컴퓨터와 통신기술을 이론, 실험실습, 그리고 다양한 프로젝트를 통해 학생들을 교육함으로써 사회와 기업에서 필요로 하는 이론과 실무 능력을 갖춘 우수한 인재로 육성하고 있다.

3. 게임공학과(http://game.pcu.ac.kr) = 게임산업은 저비용으로 고부가 가치를 창출하는 국가 신성장 동력사업이다. 첨단 유비쿼터스 스마트 IT 신기술을 접목한 차세대 게임프로그래밍, 그래픽디자인 및 증강현실 등에 대한 기술교육과 또한 창의력 함양 교육, 외국어집중교육 등의 프로그램으로 세계를 기술·경영하는 총체적 공학예술인을 양성하고 있다.

4. 사이버보안학과(http://security.pcu.ac.kr) = 사이버 공간에서 이루어지는 각종 범죄를 예방·방어·공격하는 기술을 체계적으로 교육한다. 차세대 사이버보안 전문가를 양성하여 안전한 사이버공간을 이루고자 설치된 학과로 다양한 상황에 대응할 수 있는 능력을 갖춘 인재를 양성하고 있다.

5. 전자공학과(http://ece.pcu.ac.kr) = 단순한 지식이 아닌 반도체, 방송, 통신, 멀티미디어, 로봇, 컴퓨터 등 다양한 분야에 적용할 수 있는 기본 지식과 응용 기술을 배울 수 있도록 교과과정을 운영하고 있다. 본인이 관심 있는 분야에서 더욱 깊이 있는 경험과 지식을 쌓아 취업할 수 있도록 전공동아리와 인턴에 참여할 수 있는 기회를 제공한다.

6. 전기공학과(http://ee.pcu.ac.kr) = 물리학을 바탕으로 자연 에너지원을 전기에너지로 변환하는 분야로부터 변환된 전력을 효율적이고 안정적으로 수송하고, 전기에너지를 빛, 열, 그리고 동력 등과 같은 또 다른 형태로 에너지를 변환하며, 에너지의 변환과 전기 관련 소재, 전력 시스템 등에 대해 교육하고 있다.

7. 컴퓨터수학과(http://cmath.pcu.ac.kr) = 입학생들은 수학, 전산수학, 보험수학, 금융수학, 교육대학원 진학 분야를 선택하여 관련 분야에 대해 집중교육을 받아 각 분야로 진출하여 자신의 능력을 극대화할 있는 인재로 성장하게 된다.

8. 건설환경·철도 공학과(http://civil.pcu.ac.kr) = 철토특성화대학으로 선정된 학과이다. 21세기 인간이 필요로 하는 공간 환경을 개발·보존·디자인 할 수 있는 건설 환경 및 철도분야의 전문기술인 양성을 목표로 철도, 도로, 교량, 항만, 공항, 상하수도 시설 등 사회간접 자본 시설의 효율적인 설계, 경제적인 건설 및 안전한 운용에 필요한 공학적인 지식과 기술을 교육한다.

● 나노공학계열
1. 신소재공학과(http://mse.pcu.ac.kr) = 신소재의 구조, 물성, 공정 및 기능 등의 본질을 규명하고 이해하는 것에서 출발하여 소재의 특성을 극대화시켜 나노기술(NT), 정보기술(IT), 환경·에너지기술(ET), 항공기술(ST), 생체기술(BT) 분야에 이르기까지 관련된 기초과학과 응용공학이 어우러진 첨단부품 소재를 다룬다.

2. 나노고분자재료공학과(http://nano.pcu.ac.kr) = 인류에게 가장 큰 영향을 가져온 소재인 고분자와 21세기를 이끌어 갈 나노과학·공학을 융합한 이론 및 실습 교육을 통하여 소재와 관련된 모든 산업체(자동차, 전자, 건축, 의류, 의약품, 바이오, 광학, 화장품, 의료기기, 항공우주산업, 선박 등)에서 필요로 하는 유능한 졸업생을 배출하고 있다.

3. 제약공학과(http://chemistry.pcu.ac.kr) = 의약품, 화장품에 대한 기초 및 전공교육 공학을 기초로 신약, 기능성화장품의 공정개발 교육, 미래 인력수요가 증가할 신약개발, 제약 마케팅, 공정 품질관리 전문가 기능성 화장품 개발 전문가를 양성한다. 산학연 체제를 통해 현장실습, 학과교수들의 공동연구 기회를 확대하고 있다.

● 보건의료계열
1. 간호학과(http://nursing.pcu.ac.kr) = 2011년 신설된 학과로 올해 첫 졸업생 모두 100% 국가고시 합격과 취업에 성공했다. ‘크고자 하거든 남을 섬기라’는 기독교 정신의 건학이념에 따라 사랑과 믿음의 인간존중을 바탕으로 과학적 간호와 치료적 돌봄 관계를 통해 대상자의 최적 건강을 도모하는 실천적, 창의적 전문직 간호사를 양성하고 있다.

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